Nakon što je ostao bez titule 1964. godine, Clark sa Lotusom postaje dvostruki šampion 1965. godine, a takođe odnosi pobedu i na trci Indy 500. Na kraju godine se usvajaju novi propisi po pitanju motora, a to još jednom signalizira početak nove ere.
Britanski timovi ponovo pobeđuju Ferrari, a Lotus i Brabham su bili opremljeni vrhunskim Climax V8 motorima sa 32 ventila. Clarku se pridružio još jedan timski kolega Mike Spence, koji je viđen u britanskom timu na VN Italije prošle godine. Brabhamu se u vlastitom timu pridružio novajlija sa Novog Zelanda, Denny Hulme, dok Rob Walker otkupljuje Brabhamove bolide za Bonniera i Sifferta.
Ferrari je nastavio sa Surteesom i Bandinijem. Honda u drugu sezonu ulazi sa Gintherom i manje poznatim Ronnijem Bucknumom. Gintherov odlazak iz BRM-a oslobađa vozačko mesto pored Grahama Hilla. To mesto u BRM-u popunjava perspektivni mladi Škot, koji nikad nije vozio trku Formule 1, Jackie Stewart. Talentovani Austrijanac, Jochen Rindt, se pridružio McLarenu u Cooper timu.
Južna Afrika je imala čast da označi početak sezone, Clark veoma lako odnosi pobedu, iako je koristio stari Climaxov motor. Surtees je nastavio sa dobrim rezultatom, završava na drugom mestu, ispred Hilla. Stewart je svoju debitantsku trku završio na šestom mestu.
Lotus nije učestvovao na VN Monaka, jer je tim odlučio da učestvuje na trci u Indijanapolisu, gde je Clark zabeležio istorijsku pobedu, jer je bio prvi vozač koji je pobedio na Indy 500 sa bolidom koji je imao motor iza vozača. U njegovom odsustvu Hill je postigao sjajnu pobedu na ulicama Monte Karla. Stewart je u Monaku završio na trećem mestu i tako došao do svog prvog podijuma. Clark se vraća u Evropu i sa lakoćom odnosu ponedu na kišnoj trci u Belgiji. Stewart završava na drugom, a McLaren na trećem mestu. Ginther u Hondi uspeva da dođe do jednog poena. U Francuskoj Clark i Stewart ponavljaju prethodni rezultat, prvo i drugo mesto. Ove godine VN Francuske se vozila na planini Clermont-Ferrand.
Clark pobeđuje na VN Britanije, po četvrti put za redom. Britanac nastavlja pobednički niz pobedom u Holandiji, a po treći put njegov zemljak, Jackie Stewart, završava iza njega. Veliko iznenađenje je načinio Ginther, koji je u Hondi bio na liderskoj poziciji dva kruga. Na Nirburgringu Clark dolazi do šeste pobede u sezoni, i prve pobede na Nemačkoj stazi. Nakon šest pobeda, Britanac je osigurao titulu.
Clark je bio na liderskoj poziciji u Monci, ali je morao da odustane zbog problema sa pumpom za gorivo. Njegovo odustajanje je omogućilo Stewartu da dođe do prve pobede u karijeri, a Hillu i Gurneyu do drugog i trećeg mesta. Izgleda da je osvajanjem titule, Clarka napustila sreća. Na Watkins Glenu je imao problema sa motorom, tako da je Hill, sa BRM-om, došao do treće pobede u sezoni.
U finalu je došlo do iznenađenja. U Meksiko Sitiju Ginther je podario Hondi i Goodyearu prvu pobedu. To je bila jedina pobeda u karijeri ovog Amerikanca. Kraj trke u Meksiku je označio i kraj 1.5 litarskih motora u Formuli 1, nakon četiri godine.